2001年，公司科研平台经国家人事部批准成立博士后科研工作站，截止目前已累计入站博士后9人，并于2021年经中共杭州市委人才办、杭州市人力资源和社会保障局批准认定为杭州市典型博士后工作站。2007年，公司研发中心经浙江省科技厅批准成立浙江省高新技术研究研发中心。2015年，公司研发系统经浙江省经信委批准成立浙江省企业技术中心，每2年均成功通过复评。2018年，经浙江省科技厅批准，公司成立省级企业研究院——九源基因生物制药企业研究院。2020年，企业研究院搬迁至杭州市钱塘区医药港小镇加速器三期，5000方新科研大楼配套10000方生产及新产品转化基地，为重点研究院的加快建设提供有力保障。2022年，公司企业研究院经过5年的发展，整体实力已达到重点研究院发展规模要求，于2022年8月启动申报计划，向进军国家级科研平台水平迈出里程碑步伐。