实验室1994年筹办，2002年通过国家认监委的计量认证考核，2008年1月通过CNAS认可，2011年7月通过实验室资质认定和实验室认可复评以及食品检验机构资质认定（衢州地区唯一一家通过CNAS“三合一”评审的检测实验室），现有各类专业技术和管理人员20人，其中硕士学位2人，用房面积2400平方米，检测设备总价值2200余万元，其中，国家质检总局食品安全检测区域性中心实验室设有药物残留检测室、重金属检测室、微生物实验室及常规理化检测室；常规综合实验室设有炭疽检测室、电光源检测室、纺织品检测室、木制品检测室。主要配有三重四级杆串联液质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、液相色谱仪、气质联用仪等，检测领域为22大类，包括蜂产品、水产品、畜禽产品、奶粉、蔬菜和水果、土壤、水质、电光源、动物皮毛等。2012年底，衢州出入境检验检疫局综合实验室升级为浙江省检验检疫技术科学研究院衢州分院。