植物进化生态学与保护实验室依托台州学院生命科学学院建立。2000年，成立台州学院生态研究所；2002年建立台州学院生命科学学院分析测试中心；2005年建立浙江省生态学重点学科实验室；2011年获得中央财政资助地方高校重点学科专项资金资助；2013年整合申报浙江省植物进化生态学与保护重点实验室。 实验室拥有一支年轻有活力的科研队伍，现有科研人员48人，具有副高级以上职称或博士学位以上人员达79.19%，；队伍中拥有国务院特殊津贴人员1人，省学科带头人4人，省“151”跨世纪人才培养人员4人，具有良好的发展潜力。 实验室的科研环境良好，拥有科研场地面积达7402.05平方米，建有分子生态、生理生态、植物生态、化学生态、微生物生态等常规开放实验室，拥有步入式人工气候室、植物组织培养室等功能性开放实验室，拥有全控温阳光房、全球变暖实验园、同质种植园等辅助用房，可以提供科研人员充足的科研场所。实验室现拥有芯片式测序仪、流式细胞仪、电感耦合等离子体发射光谱仪等专用仪器设备2300余万元；还拥有扫描电子显微镜等全校共享仪器设备达2100余万元；可以提供科研人员先进的仪器设备。实验室管理科学、规范，建有完善的实验室管理制度以，拥有门禁与监控系统，建有实验室开放、大型仪器开放、试剂耗材预约、科研人员信息等管理平台，有效地实现了信息化、网络化管理。 实验室围绕国家生态安全与生态文明建设的重大需求，结合国际生态学研究前沿，紧紧围绕进化生态学这一主题，以自然与人工生态系统为主要对象，整合生态学、遗传学、生理学、基因组学、蛋白质组学等相关学科的知识与技术，积极开展进化生态学领域的重大基础研究，在植物的快速适应性进化、植物多样性的形成与进化两个方向开展创新性基础研究，同时将研究成果应用于入侵植物的生物防治、污染环境的生物修复等领域，构建具有自主创新产权的核心关键技术，努力将本实验室建设成为全国一流的进化生态学理论及应用研究的创新平台及人才培养基地，为促进人与自然的和谐共存、可持续发展提供科学基础与技术支撑。