现代中药研究所组建于2005年，由药学院从事中药研究的教师组成，下设中药资源与中药化学、中药分析与代谢、中药制药工程、中药药效与新药创制等4个研究室。研究所现有教师9人，其中教授3人，副教授6人，另有博士后2人，技术员4人，并在继续引进各类人才。研究所招收中药学和药学硕士研究生、药物分析学博士研究生。 研究所强调基础研究和应用研究相结合，一方面注重学科前沿的研究和高素质人才的培养，另一方面重视中药新药研发、中药生产过程控制与装备等技术创新和应用研究，为国家和地方的建设与经济发展服务。近年来，先后承担了国家科技支撑计划、国家自然科学基金、浙江省重大科技计划等国家和省部级课题以及一大批横向课题。近年来获国家科技进步二等奖1项，其他省部级科技成果奖多项。