舟山海关综合技术服务中心是舟山海关直属事业单位。综合技术服务中心现设综合业务部、国家海洋生物制品检测重点实验室、国家粮油检测重点实验室、石油及石油产品检测中心实验室、化矿产品检测实验室、检验鉴定部。舟山海关综合技术服务中心的主要职能是：出入境食品、动植物产品、石油、化矿及煤炭等产品的实验室检测及风险评估相关工作；出入境检验检疫相关领域科学技术研究、技术开发和标准制修订；破解对外贸易和公共安全的检验检疫重大技术疑难问题；承担检验检疫委托检测、鉴定、复核和仲裁；开展检验检疫技术咨询、技术培训和技术服务等。舟山海关大楼13楼为综合技术服务中心办公区，14楼至20楼为实验室区域，总面积约约6500平方米，另外在舟山科创园区买下一层楼，建立了辐射实验室和分子生物学实验室，面积约1000多平方米。综合技术服务中心拥有先进检测设备200多台套，价值6000多万元。现有工作人员50多名，其中高级职称5人、中级职称12人，博士1人、硕士9人。综合技术服务中心按照ISO/IEC 17025标准建立了完善的质量管理体系，获得中国合格评定国家认可委员会（CNAS）的认可和中国国家认证认可监督管理委员会的资质认定（计量认证）、食品检验机构资质认定。认可检测项目涵盖食品、水产品、乳制品、粮食饲料、原油、燃料油、铁矿石、煤炭、植物检疫等13大类产品166项检测能力。综合技术服务中心积极通过能力验证活动提升技术能力，近年来参加CNAS、CNCA及FAPAS等国内外能力验证活动近60次，涉及检测项目近百项，结果均为满意。2014年还首次承担了国家认监委2014年能力验证计划（B类项目）“水生动物病毒性出血性败血症病毒核酸检测”的组织工作。综合技术服务中心强化科研能力为检验检疫技术把关提供支持，近年来主持和参加了各种科研项目共计40余项其中国家科技支撑计划子课题2项，国家质检总局项目3项，科技部星火计划2项，浙江省重大科技专项6项，浙江省其他课题11项，并参与国家标准1项和行业标准4项。目前在Foodborne Pathog Dis、Acta Biochim Biophys Sin、微生物学报、中国人兽共患病学报、华北农学报、食品卫生等国内外期刊发表学术论文70余篇，其中SCI 10篇，国内核心期刊近60篇。5项发明专利和10项实用新型专利已授权。