州市疾病预防控制中心是在原衢州市卫生防疫站基础上，于2001年11月组建而成的，是承担疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检验检测与评价、健康教育与健康促进、应用研究与指导、技术管理与服务等职能的全额拨款纯公益性事业单位，也是全市疾病预防控制技术指导中心。 中心共有职工66人，其中研究生11人，本科42人；高级职称13人，中级职称30人。设有2个职能科室和10个业务科室。占地面积3.61亩，建筑面积5371㎡，其中实验室面积1450㎡。建有国家生物安全二级实验室、百级洁净实验室、PCR实验室、艾滋病确证实验室、病媒生物抗性实验室等；拥有气质联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、荧光定量PCR仪、全自动细菌鉴定仪等一批先进的大型仪器设备，是浙江省质量技术监督局批准的计量认证单位和浙江省卫生厅批准的职业卫生技术服务、职业健康体检、职业病诊断机构。 中心是浙江省医学高等专科学校教学基地，同时也是浙江省现场流行病学培训项目现场实习基地。建有市级院士工作站（毛江森院士），市卫生系统重点实验室1个，市卫生系统重点建设学科1个；有省医坛新秀培养对象1人，市级名医专家5人，市115人才培养对象6人；2013年获市级科研项目立项4项，发表论文19篇，其中一级刊物15篇。 衢州市疾病预防控制中心认真贯彻“预防为主”的方针，秉承“团结、奉献、求实、创新”的疾控精神，积极开展卫生防病工作，为保障全市公共卫生安全、人民群众身体健康、经济社会发展作出贡献。