实验室于2009年获批组建，旨在以亚热带森林为对象，开展森林生态系统碳汇功能及其时空变化规律与演变机制研究，评价森林生态系统的二氧化碳固持能力，研发提升森林碳汇能力的关键技术，为更好地发挥森林生态系统生态服务功能和气候变化谈判提供基础数据和技术支撑。实验室设4个主要研究方向：1、森林生态系统碳库特征及机理研究；2、森林生态系统碳汇计量监测技术研究；3、森林生态系统碳汇提升技术研究；4、森林产品的碳平衡及碳汇交易机制研究。 实验室拥有核磁共振仪、土壤微生物分析系统、土壤碳通量测定系统、野外光谱辐射仪、MSI+便携式成像光谱仪、光合荧光联用系统等一批先进仪器设备，在野外建有毛竹林、雷竹林和常绿阔叶林碳水通量塔各1座，野外无线传感网等。