康恩贝中药创新研究院总部设在浙江兰溪，并以浙江兰溪为核心，分别在兰溪和杭州设立了三个研究中心。其中中药与天然药物提取研究中心、中药质控研究中心设在兰溪国家级天然产业园区，中药创新研究中心设立在杭州。研究院以聚焦创新研发、开拓思路，积极开展产学研合作，引进优秀人才和高新技术，搭建技术平台，提高技术创新能力，促进中药植物药技术进步和产业发展。研究院合计拥有研发人员300余人，由研究院成员组成的“浙江省重点企业技术创新团队”，在浙江人力资源与社会保障厅的2013年评比中被评为先进，是省内唯一一家中药制药企业获此殊荣。