浙江省农业微生物开发利用重点实验室，以构建浙江高效生态农业体系所需的基础理论和关键技术为主要目标，针对作物病虫害防治、养殖业疫病防控、农产品残留污染控制、农业生态环境修复以及农产品加工和贮运保鲜的重大科技需求，通过农业微生物及其基因资源的发掘和利用，开展高效生态农业所需的新理论、新技术、新工艺及新产品的基础与应用研究，为实现农业生产的高产、优质、高效、生态、安全的要求提供科学依据和技术支撑。各研究方向分述如下：（1）农业微生物基因工程研究方向广泛采集、分离、评价和筛选杀虫、抗病、耐盐、耐酸碱、耐高温高压、耐辐射、耐重金属污染、耐农药残留等微生物资源，运用基因组、蛋白质组、生物芯片与代谢组技术，系统研究和发掘微生物源特殊功能基因，作为开发“三药五剂”的资源库。（2）微生物农药研究方向以作物重要病虫害防治为目标，研究揭示杀虫微生物与害虫、拮抗微生物与植物病原菌之间相互作用的规律，研究揭示真菌、细菌、病毒等生防微生物毒力与抗逆性状的分子基础，研究开发用于稻飞虱、茶叶蝉、烟粉虱、蚜虫、叶螨等刺吸式口器害虫防治的真菌杀虫剂和真菌杀螨剂，研究开发针对咀嚼式口器害虫的病毒制剂与转基因抗虫植物。（3）微生物制品与菌肥研究方向以健康养殖为目标，系统开展疫病病原学、致病机制、免疫干预调控机制的研究，开发疫病快速诊断与检测技术、基因工程疫苗及及抗菌肽药物；研制开发防控水产病害及净化水体的益生菌剂和微生物免疫增强剂。（4）农业微生物发酵工程研究方向研究开发具有自主知识产权的杀虫真菌高纯度孢子粉的固相发酵技术及其关键装备，研究改进细菌和放线菌类既有的液相发酵及后处理技术，研究开发“高附加值、低产量”目标产物的新一代发酵技术及提取技术.