温州市水环境与海洋生物资源保护重点实验室于2011年12月获得批准立项建设，于2012年8月升级为浙江省水环境与海洋生物资源保护重点实验室。实验室以温州大学生命与环境科学学院为依托单位，以浙江省重点学科生态学为依托学科，科研用房超过5000平方米，设备总值7897.4653万元。实验室形成了水环境生态研究与修复技术、水环境污染控制与治理技术、海洋生物资源与保护、海洋生物产品开发与利用技术4个主要研究方向。 实验室建设以来，承担各类科研项目266项，其中国家、省部级科技项目92项，科研经费10259万元；发表高水平的学术论文477篇，其中SCI收录论文312篇；获得授权发明专利47项。研究成果获省科学技术奖一等奖1项，省自然科学一等奖1项，教育部高校自然科学二等奖1项，省科学技术奖二等奖3项、三等奖1项。 实验室以“水环境—海洋生物”生态系统保护为中心，为促进浙江省海洋经济的可持续发展做出了重要贡献，成为浙南地区的水环境及海洋生物资源保护方面重要的人才培养、技术孵化和工程示范基地。 实验室现有固定人员83人，其中具有博士学位的68人，具有副高级以上职称54人，全职院士1人、国家特聘专家1人、国家有突出贡献中青年专家1人、“国家百千万人才工程”国家级人选3人、国务院特贴专家3人、中国科学院“百人计划”1人、国家科技重大专项项目首席科学家1人、“教育部新世纪优秀人才”1人、浙江省“万人计划”杰出人才1人、浙江省“万人计划”科技创新领军人才1人、浙江省高校领军人才1人、浙江省高校领军青年优秀人才1人，浙江省“151人才”9名，浙江省中青年学科带头人4名。2012年获批温州市重点科技创新团队，2015年获批为浙江省协同创新团队。