医学实验中心成立于2005年4月。实验中心建筑面积14626平方米。下设形态学实验室、机能学实验室、药学实验室、临床技能实验室、大学生创新创业实验室（医学类）、医学分子生物学实验室、实验动物中心七个二级实验室，其中医学分子生物学实验室是嘉兴市重点实验室。 自2005年以来，实验中心进行了全面建设和改造，目前设备总值3400余万元，拥有教学及科研仪器设备6500多台件，其中10万以上大型仪器20余台，包括全自动流式细胞分析仪、冻干机、全波长酶标仪、荧光分光光度计、气相色谱仪、生理记录数据采集分析系统、全自动血气分析仪，高效液相色谱仪、数字人解剖系统、智能溶出度测定仪、小型喷雾干燥器、荧光倒置显微镜、荧光定量PCR仪、超临界萃取仪、冷冻干燥机、医学综合模拟人、ECS综合模拟人等。中心还托管了SPF级实验动物中心，并取得浙江省科技厅授予的《实验动物使用许可证》。 医学实验中心承担了医学院临床医学、护理学、药学三个本科专业80多门实验课程，年完成实验教学达22万人时数。医学实验中心面向学校各二级学院、医学院师生、附属医院及周边企事业单位开放，OSCE成为嘉兴市执业医师实践技能操作考试考点。中心已经成为教师科研、医务人员技能培训、大学生实验技能训练、大学生创新项目实施、毕业论文完成的重要科研及教学平台。校级示范中心二个、医学虚拟仿真实验教学中心于2015年12月获批“十二五”省级实验教学示范中心重点建设项目。