杭州市农业科学研究院成立于2004年3月，是根据市委、市政府整合农业科技资源的要求，撤消原4个农口研究所，重新组建的综合性农业科研、推广机构，为市政府直属事业单位。 杭州市农业科学研究院核定编制182人，现有职工中科技人员比例达到78%。全院下设水产所、蔬菜所、茶叶所、农作物（生态）所、生物技术所、园艺所、畜牧所、农产品加工所8个研究所、信息中心、实验中心2个中心、党政办、科技处、综合处3个管理处室和国家级三角鲂原种场。其主要职能是：承担农业开发性、应用性研究和开展农业先进适用技术的引进、示范和推广任务，受委托开展农产品、农业投入品和产地环境的相关检测工作。 市农科院始终坚持开门办院、科研与推广并举的办院方针，强化农业科技创新平台建设，提高科技创新能力，围绕杭州都市农业和新农村建设，大力实施技术攻关、示范推广、生态农业促进、科技服务和种子种苗等科技行动，着力打造杭州农业科技龙头。“十一五”以来，承担国家科技支撑计划项目，国家自然科学基金项目，省、市重大科技项目以及其它科技类项目302项；在植物耐盐基因挖掘应用、农作物新品种选育、钱塘江土著鱼开发、农业生态环境修复和保护、农产品质量安全生产等方面取得了成果。获得各类成果奖励29项，育成有自主知识产权的品种16个，授权发明（实用新型)专利16项，软件著作权10个，在学术刊物上发表论文434篇，其中SCI 7篇。积极开展农业科研成果的推广应用，每年组织10个新品种和10项新技术推广，累计推广158万亩次。 建院以来，先后被命名为杭州市文明单位、浙江省文明单位，2007、2008、2011年度被评为杭州市非综合考评先进单位，同时还获得了“杭州市十佳科研院所”、“杭州市社会治安综合治理先进单位”等一批荣誉称号。